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總則
一、書件不限於掛號郵寄
實務上以郵寄方式寄出之文件皆有郵戳日期，不限於掛號郵寄。郵戳所載日期不清晰者，除由當事人舉證外，以到達專利專責機關之日為準（細則第5條）。
二、特別委任
重大影響申請人權益之行為（選任或解任代理人、撤回專利申請案、撤回分割案、撤回改請案、撤回再審查申請、撤回更正申請、撤回舉發案或拋棄專利權等），為求審慎，增訂特別委任事項。若委任狀未涵蓋前述行為，必須取得特別委任（細則第10條）。

發明專利之申請與審查
一、定義「申請在先」「申請時」「刊物」「所屬技術領域中具有通常知識者」
主張優先權者，「申請在先」指該優先權日前（細則第13條第1項）。
「刊物」指向公眾公開之文書或載有資訊之其他儲存媒體。要件包含：1、公開：須具有公開性質，使公眾可得接觸其內容；2、儲存媒體：必須為載有資訊之儲存媒體，且不以紙本形式之文書為限（細則第13條第2項）。
「所屬技術領域中具有通常知識者」指具有申請時該發明所屬技術領域之一般知識及普通技能之人（細則第14條第1項）。主張優先權者，「申請時」指優先權日（細則第14條第2項）。
二、優惠期主張
定義優惠期事由之行為主體包含申請人及其前權利人（細則第15條）。
有多次專利法第22條第3項第1至3款之優惠期事由，應於申請時敘明各次事實。但各次事實有密不可分之關係者，得僅敘明最早發生之事實（細則第16條第3項）。優惠期之期間計算，以最早之事實發生日為準（細則第16條第4項）。
三、申請時敘明事項
申請書除載明發明名稱、發明人、申請人及代理人資料（細則第16條第1項），若主張優惠期或主張優先權亦應敘明（細則第16條第2項）。
刪除若寄存生物材料應於申請書載明寄存資料規定；但申請書仍設有欄位，如聲明得通知補正（刪除原細則第14條第4款）。
四、說明書格式
因應新專利法將申請專利範圍及摘要獨立於說明書之外，調整說明書欄位為：發明名稱、先前技術、發明內容、圖式簡單說明、實施方式、符號說明（細則第17條第1項），此非強制規定，若以其他方式表達較為清楚則不在此限（細則第17條第2項）。
說明書得於各段落前加上[0001]、[0002]等四位阿拉伯數字編號以資識別（細則第17條第3項）。
如已寄存生物材料者，應於說明書載明寄存資訊（細則第17條第5項）。
如包含序列者，說明書應包含序列表，並得檢送電子資料（細則第17條第6項）。
五、申請專利範圍記載事項
原細則第18條第2項規定獨立項應敘明申請專利之標的及實施之必要技術特徵；惟申請標的應為發明整體，獨立項界定保護範圍，與實施非直接關聯。新細則改為：獨立項應敘明申請專利之標的名稱及申請人所認定之發明之必要技術特徵（細則第18條第2項）。
附屬項規定對應改為：附屬項應敘明所依附之項號，並敘明標的名稱及所依附請求項外之技術特徵。並增訂依附之項號應以阿拉伯數字為之（細則第18條第3項）。
請求項之技術特徵不得以說明書之頁數、行數或圖式、圖式中之符號予以界定為原則，新細則加上「除絕對必要外」之例外（細則第19條第1項）。
增訂請求項之技術特徵得引用圖式中對應之符號，該符號應附加於對應之技術特徵後，並置於括號內；該符號不得作為解釋請求項之限制（細則第19條第2項）。
二段式獨立項之特徵部分除原細則「其改良在於」外增加「其特徵在於」之例示（細則第20條第1項）。
六、摘要記載事項
增訂摘要不符規定，專利專責機關得通知申請人修正，亦得依職權修正後通知申請人（細則第21條第3項）。
增訂指定代表圖應列出主要符號簡要說明（細則第21條第4項）。
增訂未指定代表圖或指定不當，專利專責機關得通知申請人補正，亦得依職權指定或刪除後通知申請人（細則第21條第5項）。
七、共通事項
增訂說明書、申請專利範圍及摘要，應以打字或印刷為之（細則第22條第2項）。
增訂說明書、申請專利範圍及摘要以外文本提出者，其補正之中文本，應提供正確完整之翻譯（細則第22條第3項）。
八、圖式規定
修改「於各圖縮小至三分之二時，仍得清晰分辨圖式中各項元件」為「各項細節」（細則第23條第1項）。
九、補正說明書或圖式
原則上補正說明書或圖式之缺漏者以補正之日為申請日。例外為：1、補正之說明書或圖式已見於主張優先權之先申請案，2、申請人於專利專責機關確認申請日之處分書送達後三十日內撤回補正（細則第24條第1項）。以外文本提出者亦適用前述規定（細則第24條第2項）。
十、優先權證明文件
檢送之優先權證明文件應為正本。檢送影本者，專利專責機關應通知申請人限期補正與該影本為同一文件之正本；屆期未補正或補正仍不齊備者，視為未主張優先權。但其正本已向專利專責機關提出者，得載明正本所依附案號之影本（細則第26條第1項）。
優先權證明文件，經專利專責機關與專利受理機關已為電子交換者，視為申請人已提出（細則第26條第2項）。
十一、單一性之解釋
將判斷單一性之「特定技術特徵」改為「特別技術特徵」（special technical feature），定義「特別技術特徵」指申請專利之發明整體對於先前技術有所貢獻之技術特徵（細則第27條第3項），相對於原細則增加「整體」（as a whole）。並增訂單一性判斷，不因其於不同之請求項記載或於單一請求項中以擇一形式記載而有差異（細則第27條第4項）。
十二、分割申請規定
因應新專利法開放初審核准審定後之分割，增訂於原申請案核准審定後申請分割者，應自其說明書或圖式所揭露之發明且非屬原申請案核准審定之申請專利範圍申請分割（細則第29條第1項），其原申請案經核准審定之說明書、申請專利範圍或圖式不得變動（細則第29條第2項）。
十三、增訂明顯錯誤得依職權訂正
增訂說明書、申請專利範圍或圖式有明顯錯誤者，專利專責機關得依職權訂正，並通知申請人（細則第35條）。
十四、申請修正之劃線本
申請修正應檢附劃線本，其為刪除原內容者，應劃線於刪除之文字上；其為新增內容者，應劃線於新增之文字下方。但刪除請求項者得以文字加註（細則第36條）。
十五、誤譯之訂正申請規定
因應新專利法開放誤譯之訂正，增訂誤譯之訂正申請應檢送劃線本及無劃線本，申請書應載明訂正之頁數、段落編號與行數、訂正理由及對應外文本之頁數、段落編號與行數（細則第37條）。
十六、同時申請訂正及修正
因應新專利法開放誤譯之訂正，增訂同時申請訂正及修正，得分別提出申請，或以訂正申請書分別載明其訂正及修正事項（細則第38條第1項）。同時申請訂正及更正者亦同（細則第38條第2項）。
十七、第三人陳述意見
增訂發明專利申請案公開後至審定前，任何人認該發明應不予專利時，得向專利專責機關陳述意見，並得附具理由及相關證明文件（細則第39條）。

新型專利之申請與審查
新型專利原則上準用發明專利規定（細則第45條）。
因申請新型專利必須備具圖式，欠缺圖式將無法取得申請日（細則第40條）。

設計專利之申請與審查
設計專利原則上準用發明專利規定（細則第61條）。
配合新專利法修正開放多種設計態樣，未必可一體適用「立體圖及六面視圖」，修正為：「設計之圖式，應備具足夠之視圖，以充分揭露所主張設計之外觀」（細則第53條第1項）。
主張色彩者之圖式應呈現其色彩（細則第53條第4項）。圖式中主張設計之部分與不主張設計之部分，應以可明確區隔之表示方式呈現（細則第53條第5項）。標示為參考圖者，不得用於解釋設計專利權範圍（細則第53條第6項）。

專利權及附則
一、刪除先用權及善意實施之解釋規定（刪除原細則第38條）
配合新專利法於先用權（第59條第1項第3款）及善意實施（第59條第1項第5款及第7款）將「限於在其原有事業內繼續利用」修改為「限於在其原有事業目的範圍內繼續利用」（第59條第2項），而刪除原細則的解釋規定，依新法規定，如事業目的相同，可以擴大規模。
二、刪除販賣區域之解釋規定（刪除原細則第39條）
配合新專利法刪除法院依事實認定得為販賣之區域，而刪除原細則的解釋規定。
三、專利權讓與、信託、授權、再授權、質權、繼承登記
專利權讓與、信託、授權、再授權、質權、繼承登記，換發證書係辦理登記之結果，無明定必要而予修正（細則第63至69條）。增訂前五種情事，依法須經第三人同意者，應檢附第三人同意之證明文件（細則第68條）。
四、授權範圍
增訂授權契約應載明專利名稱或其專利證書號數以確定授權標的，並配合新專利法第62條區分授權種類為專屬授權及非專屬授權，增訂授權種類為應記載事項（細則第65條第1項）。
明定專利權人得就部分請求項授權他人實施，其授權內容應載明請求項次（細則第65條第2項）。
五、增訂再授權登記
配合新專利法第63條增訂再授權登記規定，並明定再授權範圍以原授權之範圍為限（細則第66條第3項）。
六、更正
申請更正應檢附無劃線本及更正申請書。更正申請專利範圍者應檢附全份申請專利範圍。依新專利法第69條規定更正應經他人同意者應檢附同意證明文件（細則第70條第1項）。
更正申請書應載明更正部分、更正內容及理由（細則第70條第2項）。更正內容應載明更正前後之內容，刪除原內容者應劃線於刪除之文字上，新增內容者應劃線於新增之文字下方（細則第70條第3項）。
如刪除部分請求項，不得變更其他請求項之項號；如刪除部分圖式，不得變更其他圖之圖號（細則第70條第5項）。
於舉發案審查期間申請更正者，並應於更正申請書載明舉發案號（細則第70條第6項）。
設計專利之更正亦有類似規定（細則第81條）。
七、舉發
於專利權當然消滅後提起舉發者，應檢附對專利權之撤銷具有可回復之法律上利益之證明文件（細則第71條），原審查基準規定提昇至施行細則。
舉發聲明應表明舉發人請求撤銷專利權之意旨，就部分請求項提起舉發應敘明請求撤銷之請求項次（細則第72條第1項）。舉發理由應敘明所主張之法條及具體事實，並敘明各具體事實與證據間之關係（細則第72條第2項）。
舉發案之審查及審定，應於舉發聲明範圍內為之（細則第73條第1項）。舉發審定書主文，應載明審定結果；於發明、新型應就各請求項分別載明（細則第73條第2項）。
合併審查之更正案與舉發案，應先就更正案進行審查，經審查認應不准更正者，應通知專利權人限期申復；屆期未申復或申復結果仍應不准更正者，專利專責機關得逕予審查（細則第74條第1項）。舉發審定書主文應分別載明更正案及舉發案之審定結果。但經審查認應不准更正者，僅於審定理由中敘明之（細則第74條第2項）。
合併審查多件舉發案時，應將各舉發案提出之理由及證據通知各舉發人及專利權人（細則第75條第1項）。各舉發人及專利權人得於專利專責機關指定之期間內就各舉發案提出之理由及證據陳述意見或答辯（細則第75條第2項）。
舉發案審查期間，專利專責機關認有必要時，得協商舉發人與專利權人，訂定審查計畫（細則第76條）。
八、強制授權
專利專責機關於審定書內應載明被授權人揭露實施資訊（細則第78條第2項）。
九、專利標示增訂但書規定
在專利權消滅或撤銷確定後，不得為專利標示，增訂但書規定「但於專利權消滅或撤銷確定前已標示並流通進入市場者，不在此限」（細則第79條）。
十、公開及公告規定
實務於專利公報刊載准予更正及舉發審定書全文等事項，新細則增訂應公告事項以資明確（細則第84條、第85條）。
十一、申請書表
申請書、說明書、申請專利範圍、摘要及圖式，原則上應使用本法修正施行後之書表格式（細則第88條第1項）。
例外得使用修正施行前之書表格式的情形是（細則第88條第2項）：1、修正施行後三個月內提出之發明或新型專利申請案；2、修正施行前以外文本提出之申請案於修正施行後六個月內補正之補正本；3、修正施行前提出之申請案，於修正施行後申請修正或更正之修正本或更正本。
十二、Icon、GUI及成組物品設計專利
新專利法開放之電腦圖像（Icon）、圖形化使用者介面（GUI）及成組物品設計專利，申請日不得早於新法施行日，主張優先權早於新法施行日者以新法施行日為優先權日（細則第89條）。
十三、施行日期
新專利法、新專利法施行細則及已發佈之新專利審查基準同時自2013年1月1日開始施行。